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L'insémination artificielle présente plusieurs avantages pour les animaux domestiques et de zoo. Il y a moins de chances que les animaux se blessent pendant le processus d'accouplement, il y a moins de stress pour la femelle, qui est généralement celle qui doit être transportée chez le mâle. Mais aucun système de reproduction n'est parfait, pas même l'insémination artificielle.
La légalité
Dans certaines races d’animaux domestiques, il est impossible d’enregistrer la progéniture de l’insémination artificielle. Ceci est particulièrement important dans le cas des chevaux de race, tous les poulains de race devraient être le résultat d'un accouplement naturel enregistré dans un club de jockey. Le club américain, par exemple, est particulièrement inflexible à ce stade et si un cheval ne peut pas être enregistré, il est empêché de courir.
L'ovulation
Chez certaines espèces, l'accouplement est nécessaire pour que les femelles ovulent, car elles n'ont pas de période de reproduction spécifique. Par exemple, il y a des épines microscopiques sur les pénis félins (des chats domestiques aux tigres) et lorsque ces épines sont éraflées sur la paroi vaginale de la femme, elle les oblige à libérer des œufs dans son utérus. Selon un spécialiste, les femelles n'ovulent pas 20 à 23 heures après l'accouplement, ce qui rend toute insémination artificielle impossible.
Collection
Pour collecter le sperme du mâle, une personne doit s'approcher très près d'un animal dangereux et très excité avec un dispositif de collecte. Bien que certains animaux comme les cochons et les chevaux aient appris à monter sur des poupées, ce système n’existe pas pour les animaux de zoo. Par exemple, le sanctuaire du koala, Lone Pine, a réussi à exécuter des koalas avec du vagin artificiel, mais ne peut collecter le sperme qu'après avoir arrêté un véritable accouplement. Les koalas peuvent infliger des blessures graves.
Coût
Un autre inconvénient majeur est le coût considérable que représentent le stockage du sperme collecté dans de l'azote liquide, son envoi à la femme, puis la demande à un vétérinaire d'effectuer l'insémination. Les pandas géants, par exemple, doivent être anesthésiés avant l'insémination. Les coûts du matériel de collecte, des installations de stockage, du transport et des soins vétérinaires peuvent être élevés. En revanche, la reproduction naturelle peut être relativement peu coûteuse, en particulier pour les animaux dociles.
Spéculation
Il existe également la théorie selon laquelle les animaux doivent apprendre à se reproduire en regardant leurs parents s'accoupler. Les mammifères et les oiseaux ont besoin de voir les membres de leur espèce s'accoupler pour apprendre. Selon des chercheurs d’Animal Planet, il s’agit d’une préoccupation particulière chez les pandas géants, car la femelle n’a sa période de fertilité qu’une fois par an. Les pandas femelles doivent être anesthésiés avant l'insémination artificielle. Cela ne laisse pas beaucoup de temps aux hommes pour découvrir le comportement de reproduction, il n'y a pas beaucoup de pandas en captivité qui savent s'accoupler. Si tous les animaux étaient procréés par insémination artificielle, avec le temps, ce serait la seule méthode de reproduction connue.