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Les champignons sont un groupe de micro-organismes classés dans un règne séparé de plantes et d'animaux. Ils se trouvent en abondance dans de nombreux environnements et vivent une existence indépendante, dépendante (parasitaire) ou mutuellement bénéfique. Les champignons sont essentiels au maintien du bon fonctionnement de l'écosystème en décomposant les matières mortes et en libérant des nutriments essentiels dans le sol et dans l'atmosphère.
Champignons saprophytes
Les champignons saprophytes (ou décomposeurs) constituent le plus grand groupe de champignons présents dans le sol. Ils convertissent les matières mortes ou en décomposition en acides organiques, en dioxyde de carbone et en biomasse fongique (ou leur propre corps). Ils décomposent les matières organiques dures, telles que le bois, par la consommation de ses nutriments et son immobilisation dans le sol. Les champignons saprophytes sont capables de décomposer la cellulose, la lignine (qui décompose le carbone essentiel utilisé par de nombreux organismes) et les protéines. On les trouve généralement autour d'animaux morts, d'insectes, de feuilles et d'arbres abattus. Des exemples de champignons saprophytes comprennent Pleurotus ostreatus (pleurotes), Lentinula edodes (shiitake) et Stropharia rugosoannulata (Stropharia rei).
Champignons mutuels
Les mutualistes sont un groupe de champignons qui forment des relations mutuellement bénéfiques (les relations profitant aux deux espèces concernées) avec les plantes. En règle générale, ils poussent sur les racines des plantes et les aident à extraire les éléments nutritifs (tels que le phosphore) du sol. Les champignons mycorhiziens sont un groupe de mutualistes qui se développent dans les racines des plantes. Il existe quatre groupes principaux de champignons mycorhiziens, notamment les orchidées, les éricoïdes, les ectomycorhizes et les arbuscules. Près de 90% de toutes les plantes forment des associations mutuellement bénéfiques avec les champignons mycorhiziens. Les exemples de champignons mutuels incluent ceux des familles Zygomycota et Basidiomycota.
Champignons pathogènes
Les champignons pathogènes envahissent leur plante hôte et décomposent la matière vivante. Ils retirent les nutriments essentiels de leurs hôtes, ce qui affaiblit la plante et finit par la faire mourir. Les champignons pathogènes pénètrent dans une plante à travers leur peau externe (épiderme) ou se développent à l'intérieur de leur stomie (trous respiratoires). Ils infectent une plante et la font mourir ou la laissent vivre pendant qu'ils volent les nutriments essentiels de la plante vivante.Les maladies des plantes causées par des champignons présents dans le sol comprennent la pourriture, la tache noire, l’ulcère, la rouille, la maladie à Rhizoctinia, la pourriture des racines et la gale verruqueuse de la pomme de terre. Les champignons pathogènes se trouvent généralement dans le sol au début de la culture. Les exemples de champignons pathogènes incluent Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora et Verticillium.